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商家因快递超时罚款快递公司是否赔偿，取决于超时的原因。以下是具体的赔付情况：

商家原因：如果商家接单后，超过预计配送到达的时间还没发货，商家应当赔付123。

配送员原因：如果商家及时把订单发给了配送员，由于配送员的原因导致延时就是由配送员赔付123。

承诺送达时间：下单后，商家会承诺一个送达时间和一个折扣，如果外卖超过了承诺时间才送到，该份外卖按照折扣价收取费用12。

不可控因素：若快递公司送件延时超过承诺时间导致收货晚，但不包括快递公司在取、派快件过程中遇到的异常情况，如交通管制、恶劣天气、或者商家自身原因等非快递公司可控范围的异常情况导致延时服务的，可以向快递公司索要赔偿4。

赔偿标准：对于赔偿标准双方协商解决。法律依据是《中华人民共和国邮政法》第四十七条第二款，未保价的给据邮件丢失、损毁或者内件短少的，按照实际损失赔偿，但最高赔偿额不超过所收取资费的三倍；挂号信件丢失、损毁的，按照所收取资费的三倍予以赔偿4。

预订单：预订单不参与超时赔付