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豆腐乳是发酵产品。豆腐经酵母发酵后，不用经过杀菌工序，只加入食盐和其他调味料，直接装瓶密封，打开即可食用。但酵母菌仍是活菌，在密封时由于接触不到空气，再加上被食盐抑制了其繁殖能力，所以密封条件下的豆腐乳能保存很长时间（通常为一年）。
但如果豆腐乳打开了，也就是接触到了空气，这里酵母菌就会加快发酵，特别是表面的那一层，很快就会发霉长出白毛，不能再食用。
豆腐乳是由白色的豆腐制作而成的，在制作豆腐乳的时候豆腐会发酵变色。而自制豆腐乳无毒的霉菌颜色一般为米白色或者淡黄色，这属于正常的，如果发现有多种杂色霉菌就是感染变质了，比如黄色霉菌和黄绿色霉菌等是不能食用的，霉豆腐发霉后会产生黄曲霉毒素，黄曲霉毒素是一种致癌物。尤其是长绿色的霉点，最好不要食用。
霉豆腐需要一个星期后再放油，主要是因为这段时间内真菌产生的蛋白酶对豆腐蛋白有一个缓慢的酶解作用。这种酶解过程将豆腐中的蛋白质转化为具有鲜味的氨基酸。在此过程完成后，再加入油进行烹饪，可以更好地保留和提升霉豆腐的独特风味。