玛瑙的种类按颜色可以分为红玛瑙、白玛瑙、黑玛瑙、蓝玛瑙、绿玛瑙、紫玛瑙等。
其中又以红玛瑙最为大众熟悉和喜爱，红玛瑙家族中的南红是近年来市场上最热门的珠宝。而紫绿玛瑙则因为独特的双色，而受到了玉雕师的喜爱，近年也是身价倍增。
玛瑙也是会染色的，玛瑙的染色是将色料浸入玛瑙内部的孔隙，使其具有美丽的色彩和纹带。绿玛瑙、黑玛瑙、蓝玛瑙则多为染色而成。市面上出售的蓝色、紫色的玛瑙首饰不是本色，是经过加工后染上的，个别染色水平不高的用几年后会出现退色。
玛瑙是一种宝石，采用高温优化技术可以改善玛瑙的颜色、透明度与亮度，使得其更加美观。
高温优化本身不会给环境和人类带来危害，但是存在一些玛瑙在高温优化时加入填充剂等方法来掩盖瑕疵的行为，这可能会欺骗消费者。因此在选择和购买玛瑙时需要仔细鉴别，保证选购的玛瑙没有使用欺诈性的加工方式。
此外，高温优化也可能会影响到玛瑙的天然属性，因此一些收藏家认为高温优化后的宝石不纯正，会影响价值。