山楂树的结局主要围绕着几个主角的生活展开。首先，彭天翼在保护老科学家的毕生学术成果时，被错误地指控并入了狱。经过调查，他被证明是无辜的，最终得以释放。出狱后的彭天翼选择回到农村，致力于帮助农民致富。尽管他在农业改革中坚持自己的理念，这导致了他与一些保守势力的冲突，甚至错过了高考机会，但他仍然坚定不移地追求着自己的理想。在经济体制改革中，他大胆地进行改革，但这也导致了家庭矛盾的产生。最终，他放弃了一个赴美继承遗产的机会，全心投入到经济学的研究中，用学术成果为国家的发展提供建议。

另一方面，一家人在知青们的热烈祝福下团聚，共同迎接幸福美好的生活。袁清河告诉罗永泽有关蒋欣童和彭天翼结婚的消息，罗永泽和菲菲对此并不感到意外或怨恨。彭天翼和蒋欣童结婚后，蒋欣童几乎完全依赖彭天翼，即使是一些日常生活的小事也需要他陪伴。随着时间的推移，曾经的一些争议和不公逐渐淡出了人们的记忆，彭天翼也拒绝了何书记让他官复原职的建议，因为他更希望专注于照顾蒋欣童。